Emil Abderhalden sinh ra ở Oberuzwil, Canton of St. Gallen ở Thụy Sĩ. Abderhalden từng học dược tại Đại học Basel và nhận bằng tiến sĩ vào năm 1902. Sau đó ông nghiên cứu trong phòng thí nghiệm của Emil Fischer và làm việc tại Đại học Berlin. Năm 1911, ông chuyển đến Đại học Halle và dạy khoa sinh lý học tại trường này[2] Từ năm 1931 đến năm 1950, Ông là chủ tịch của German Academy of Natural Scientists Leopoldina. Vào năm 1936, ông được chỉ định là thành viên của Pontifical Academy of Sciences.[3]. Từ năm 1931 đến năm 1950, ông là chủ tịch Học viện Khoa học Tự nhiên Đức Leopoldina. Năm 1936 ông được bổ nhiệm làm thành viên của Học viện Giáo hoàng về Khoa học. Trong Thế chiến I, ông thành lập một bệnh viện dành cho trẻ em và đứng đầu tổ chức việc đưa trẻ em suy dinh dưỡng sang Thụy Sĩ. Sau đó, ông tiếp tục việc nghiên cứu của mình về hóa học sinh lý và bắt đầu nghiên cứu quá trình trao đổi chất, hóa học thực phẩm. Sau Thế chiến II, Abderhalden trở lại Thụy Sĩ và nhận được một vị trí tại Đại học Zurich. Ông qua đời tại đây ở tuổi 73. Hành tinh nhỏ 15262 Abderhalden được đặt theo tên của nhà sinh lý học này để tôn vinh ông.